通路分析的意思
通路分析（Pathway Analysis）是一種生物信息學方法，用於研究基因、蛋白質或其他生物分子在細胞信號傳導通路或代謝通路中的相互作用和功能。這種方法通常用於高通量數據，如基因表達譜、蛋白質相互作用網路、代謝組學數據等。
通路分析的目的是識別在這些數據集中富集的特定通路，從而幫助理解生物學過程中分子機制和疾病狀態。通過分析哪些通路中的基因或蛋白質發生了變化，研究人員可以推斷出通路的功能變化，並可能揭示疾病發生髮展的分子基礎，或者藥物作用的機制。
通路分析通常包括以下幾個步驟：
- 數據收集：收集基因表達或其他生物分子數據。
- 通路資料庫：使用通路資料庫，如KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）、Reactome、WikiPathways等，來獲取已知的生物學通路信息。
- 通路富集分析：將數據集中差異表達的基因或蛋白質與通路資料庫中的基因或蛋白質進行匹配，計算每個通路中基因或蛋白質出現的頻率，並比較這個頻率與預期頻率的差異，以確定哪些通路在數據集中是富集的。
- 通路可視化：將通路富集結果以圖形方式展示，以便於理解和分析。
- 通路功能注釋：根據通路富集結果，對生物學通路進行功能注釋，解釋通路變化的可能生物學意義。
通路分析對於理解複雜的生物學過程、疾病發病機制以及藥物開發都有重要意義。它不僅可以幫助我們理解單個基因或蛋白質的功能，還可以揭示分子網路和通路的整體變化，從而提供更全面的生物學視角。