Rpkm是什麼意思

RPKM（Reads Per Kilobase Million）是一種用於標準化RNA-seq數據的計數方法。它用於衡量基因表達的水平，並考慮了不同基因的長度以及測序深度。RPKM值可以用來比較不同樣本中基因表達的差異。

計算RPKM值需要以下步驟：

1. 首先計算每個基因的reads count（即reads數）。
2. 然後計算每個基因的長度（以base pairs為單位）。
3. 接下來計算整個樣本的reads總數。
4. 最後，將每個基因的reads count除以該基因的長度，再除以整個樣本的reads總數，然後乘以10^6（因為結果是以百萬為單位）。

公式如下：

RPKM(gene) = (reads count of gene / length of gene in kilobases) × (10^6 / total reads count of library)

RPKM值的範圍通常在0到1000之間，值越高表示基因表達的水平越高。通過RPKM值，研究人員可以比較不同樣本中基因表達的差異，以及識別在不同條件下表達水平發生變化的基因。